Lò vi sóng chắc chắn cũng sẽ phá hủy vitamin trong thức ăn giống như bất kì hình thức nấu ăn nào khác, nếu thức ăn được nấu thật chín. Nếu dùng đúng, không nấu thức ăn quá chín, chẳng có lý do gì mà lò vi sóng phá hủy các vitamin hay các chất dinh dưỡng khác. Các nhà khoa học đầu thập niên 1980 đã xem xét toàn diện khả năng phá hủy chất dinh dưỡng của lò vi sóng và kết luận là không có tác hại đặc biệt nào.